Сказочная страна между солнцем и луной. Три дамы, приближенные Царицы Ночи, спасают принца Тамино от змея. Пока они удаляются, чтобы сообщить об этом своей госпоже, появляется птицелов Папагено. Он делает вид, что спасение принца – его заслуга.
Возвращаются дамы. Они вручают Тамино портрет Памины, дочери Царицы Ночи, и сообщают, что ее похитил жестокий Зарастро. Тамино влюбляется в прекрасную девушку с портрета.
В раскатах грома является сама Царица Ночи, рассказывает горестную историю о том, как похитили ее дочь, и отправляет Тамино спасать дочь.
Дамы дарят Тамино волшебную флейту, а Папагено – серебряные колокольчики: эти инструменты помогут избежать опасностей в путешествии. Дорогу в царство Зарастро укажут три духа, призванные дамами.
Моностатос, раб Зарастро, преследует Памину, но внезапное появление Папагено пугает его. Птицелов рассказывает девушке, что Тамино любит ее и спешит ей на помощь.
Три духа привели Тамино к храму Зарастро. От жреца в храме Тамино узнает, что вовсе не Зарастро, а сама Царица Ночи – воплощение зла. Услышав, что Памина в безопасности, Тамино начинает играть на флейте, зачаровывая диких животных. Флейте отвечает свирель Папагено, и Тамино спешит на звуки свирели. Моностатос и его слуги пытаются поймать Папагено и Памину, но волшебные колокольчики Папагено лишают их воли, заставляя танцевать.
С большой пышностью появляется Зарастро. Он наказывает Моностатоса и обещает Памине, что скоро она будет свободна. Памина едва успевает увидеть Тамино, как юношу (и с ним Папагено) вводят в храм.
Зарастро убеждает жрецов, что Тамино готов выдержать испытания и стать посвященным.
Моностатос пытается поцеловать спящую Памину, но внезапное явление Царицы Ночи не дает ему осуществить свое намерение. Царица Ночи вручает дочери кинжал и приказывает убить Зарастро. Зарастро утешает опечаленную Памину: он вовсе не собирается мстить.
Жрец сообщает Тамино и Папагено о предстоящих испытаниях: им надлежит хранить молчание и не прикасаться к пище. Папагено тут же нарушает данный обет, принимая стакан воды от заигрывающей с ним старухи. Но едва он спрашивает, как ее зовут, она исчезает. Три духа ободряют Тамино, а Папагено велят молчать. Приходит Памина, но Тамино не нарушает данный им обет молчания. Неверно истолковав его холодность, Памина уходит с разбитым сердцем.
Жрец велит Тамино приготовиться к оставшимся двум испытаниям. Папагено же мечтает о жене, а не о том, чтобы вступить в братство. Он даже готов дать клятву верности старухе. Внезапно она обращается в прелестную юную Папагену, но тотчас же исчезает вновь.
Памина и Тамино проходят сквозь огонь и воду: волшебная флейта служит им защитой.
Папагено, потеряв надежду на женитьбу, решает повеситься. Но три духа спасают его и напоминают, что волшебные колокольчики помогут ему найти счастье. Папагено наигрывает, появляется Папагена, и они тотчас же начинают строить планы семейной жизни.
Царица Ночи, три дамы и Моностатос пытаются напасть на храм, но терпят фиаско.
Зарастро благословляет Памину и Тамино. Все славят отвагу, доблесть и мудрость.