Действие I
Старый учёный Фауст пришёл к выводу, что все его научные изыскания тщетны, и он напрасно ради них отказался от радостей жизни и любви. Он дважды пытается выпить яд, но каждый раз останавливается, услышав пение за окном. Он проклинает науку и веру и призывает дьявола. Появляется Мефистофель и искушает Фауста видением Маргариты за прялкой. В обмен на то, что Мефистофель будет служить ему на земле, Фауст соглашается отдать дьяволу душу. Яд в кубке Фауста превращается в эликсир юности, и пожилой учёный становится красивым молодым кавалером. Фауст и Мефистофель отправляются в путешествие.
Действие II
Студенты, солдаты и горожане поют весёлую песню. Валентин уходит на войну и поручает свою сестру Маргариту заботам юного Зибеля. Появляется Мефистофель, угощает всех вином и поёт дерзкую песню о золотом тельце. За дурные слова о Маргарите Валентин угрожает ему шпагой, но клинок внезапно ломается. Валентин и его друзья, догадавшись, что имеют дело со злым духом, поднимают рукояти шпаг как кресты и изгоняют Мефистофеля.
Появляется Фауст и требует встречи с Маргаритой. Звучит вальс, и появляется Маргарита. Фауст восхищён ею, но она застенчива и отказывается принимать его руку.
Действие III
Влюблённый Зибель оставляет для Маргариты букет. Фауст отправляет Мефистофеля за подарком Маргарите и поёт каватину, в которой превозносит Маргариту как чистое дитя природы. Мефистофель приносит богатую шкатулку с драгоценностями и зеркальцем и кладёт на порог дома Маргариты рядом с букетом Зибеля.
Маргарита вспоминает о своей встрече с Фаустом и поёт песню о фульском короле. Марта, соседка Маргариты, замечает шкатулку и предполагает, что она от поклонника. Маргарита примеряет драгоценности и, заворожённая собственной красотой, поёт знаменитую арию о драгоценностях. В саду появляются Фауст и Мефистофель и флиртуют с дамами. Маргарита позволяет Фаусту себя поцеловать, но затем просит его уйти. Выглянув в окно, она поёт о своей любви к нему, и Фауст возвращается. Мефистофель злорадно смеётся: соблазнение Маргариты удалось.
Действие IV
Маргарита забеременела от Фауста и родила ребёнка. Сидя за прялкой, она поёт грустную арию о том, что Фауст всё не возвращается. Все от неё отвернулись, только Зибель по-прежнему ей предан.
Площадь перед домом Маргариты. Солдаты под бодрый марш возвращаются домой, среди них – Валентин. Зибель умоляет Валентина простить Маргариту, тот спешит в дом. Появляются Фауст и Мефистофель. Мефистофель поёт под окном Маргариты издевательскую серенаду. Из дома выходит Валентин, догадавшийся, что это Фауст опозорил его сестру. Он вызывает Фауста на дуэль, но Мефистофель парирует шпагу Валентина, давая возможность Фаусту нанести смертельный удар. Умирающий Валентин винит Маргариту за свою смерть и проклинает сестру перед всеми горожанами.
Маргарита в церкви. Она пытается молиться, но ей мешают сначала Мефистофель, потом хор демонов. Маргарита молит о прощении, но Мефистофель снова проклинает её, и она падает без чувств.
Действие V
Мефистофель и Фауст на ведьминском шабаше. Фауст переносится в грот цариц и куртизанок, где Мефистофель обещает ему любовь величайших и прекраснейших женщин в истории. Разнузданный балет олицетворяет ночь кутежа и веселья. На рассвете Фаусту грезится Маргарита, он зовёт её. За убийство своего ребёнка Маргариту заключили в темницу. Мефистофель помогает Фаусту проникнуть туда, Фауст и Маргарита поют дуэт. Мефистофель заявляет, что только смертная рука может спасти Маргариту от казни, и Фауст предлагает ей бежать. Но Маргарита отказывается и вверяет себя воле Бога и его ангелов. В финале она спрашивает, почему руки Фауста в крови, отталкивает его и падает. Мефистофель объявляет, что она проклята, но голос с небес поёт: «Спасена». Звонят пасхальные колокола, хор ангелов поёт: «Христос воскрес!». Двери темницы распахиваются, и душа Маргариты возносится на небо. Фауст в отчаянии падает на колени и молится. Сверкающий меч архангела изгоняет Мефистофеля.